《企业所得税法实施条例》规定第二款规定，企业为投资者或者职工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，在国务院财政、税务主管部门规定的范围和标准内，准予扣除。财税[2009]27号文件把标准限定在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除;超过的部分，不予扣除。
【例】某钢铁公司为职工实际支付的工资、薪金总额为1800万元，均系合理的工资、薪金支出。该企业均按工资、薪金支出总额的6%为职工支付补充养老保险费、补充医疗保险费。即支付补充养老保险费108万元，支付补充医疗保险费108万元。
按财税[2009]27号文件规定，该公司在计算应纳税所得额时允许税前扣除的补充养老保险费和补充医疗保险费限额均为1800×5%=90(万元)。因此，该公司应调增应纳税所得额(108-90)+(108-90)=36(万元)。
此外，纳税人需要特别注意的是，财税[2009]27号文件仅对支付给职工的补充养老保险费和补充医疗保险费作了规定，而对《企业所得税法实施条例》中规定的企业为投资者支付的补充养老保险费、补充医疗保险费又该如何扣除未作规定。因此，对企业为投资者支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，在国务院财政、税务主管部门没有相关规定前，纳税人不可套用财税[2009]27号文件的规定。
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