但是，对出证的国有土地使用权，法律允许土地使用者通过特定的程序申请改变土地使用权的性质。《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第18条规定：土地使用者需要改变土地使用权出让合同规定的土地用途的，应当征得出让方同意并经土地管理部门和城市规划部门批准，依照本章的有关规定重新签定土地使用权出让合同，调整土地使用权出让金，并办理登记。《城市房地产管理法》第17条也规定：土地使用者需要改变土地使用权出让合同约定的土地用途的，必须取得出让方和市、县人民政府城市规划行政主管部门的同意，签订土地使用权出让合同变更协议或重新签订土地使用权出让合同，相应调整土地使用权出让金。
由此可知，公民如需改变出让的国有土地使用权用途时，应按下列程序办理：首先，由土地使用者向市、县人民政府土地管理部门和城市规划行政主管部门提出改变土地使用权用途的申请，土地管理部门和城市规划行政主管部门对土地使用者的申请进行审查后作出同意与否的答复。其次，土地管理部门和城市规划行政主管部门同意改变土地使用权的用途的，由土地管理部门和土地使用者重新签订土地使用权出让合同或签订土地使用权出让合同变更协议，相应调整土地使用权出让金并办理土地使用权变更登记。
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