(一)特别程序与一般程序的关系
特别程序是对一般程序的补充，有特别程序的适用特别程序，没有特别程序的适用一般程序。
(二)国务院实施行政许可的程序
第五十二条“国务院实施行政许可的程序，适用有法律、行政法规的规定”
国务院实施行政许可通常都涉及重大、复杂的事项，不可能按照行政许可的一般程序进行。同时，国务院实施行政许可的具体程序也不是无章可循的，有关法律、行政法规以及国务院工作规则都有相应规定。
因此，对国务院实施行政许可的程序作出了特别规定。但是国务院设定许可的程序，仍然适用行政许可法的规定。
(三)有数量限制的行政许可的实施程序
有数量限制的行政许可，能够取得行政许可的人数量有限，而竞争行政许可的申请人数量较多，如果没有一个客观标准，就会为行政机关滥用自由裁量权形成可乘之机，就不能保证行政许可决定的公正性。基于公平考虑，本法规定，对有数量限制的行政许可，原则上按照受理行政许可的先后顺序作出准予行政许可的决定。即两个或者两个以上的申请人均符合法定条件、标准的，将行政许可授予先来的申请人。但是，法律、行政法规另有规定的，依照其规定。
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