可以的。去到税务局申请作废后再重新申请代开发票即可。
相关规定：《国家税务总局关于国家税务局为小规模纳税人代开发票及税款征收有关问题的通知》（国税发〔2005〕18号）第四条规定，主管国税局为纳税人代开的发票作废或销货退回按现行规定开具红字发票时，由主管国税局退还或在下期抵缴已征收的增值税，由主管地税局退还已征收的城市维护建设税和教育费附加或者委托主管国税局在下期抵缴已征收的城市维护建设税和教育费附加，具体退税办法按《国家税务总局、中国人民银行、财政部关于现金退税问题的紧急通知》（国税发〔2004〕47号）执行。
根据上述规定，贵公司代开发票需要作废的，由主管国税局退还或在下期抵缴已征收的增值税。
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