如果用新农合报销了工伤医疗费用，参加了工伤保险的，需要退回已报销款项，改由工伤保险基金支付；未参保的，则是诈骗医疗保险基金的违法犯罪行为，需要退回报销款项，接受处罚后，才可以进行工伤报销。
《社会保险法》
第三十条 下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围：
(一)应当从工伤保险基金中支付的；
(二)应当由第三人负担的；
(三)应当由公共卫生负担的；
(四)在境外就医的。
医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。
八十八条 以欺诈、伪造证明材料或者其他手段骗取社会保险待遇的，由社会保险行政部门责令退回骗取的社会保险金，处骗取金额二倍以上五倍以下的罚款。
第九十四条 违反本法规定，构成犯罪的，依法追究刑事责任。
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