劳动者在工厂厕所抽烟的行为，属于违反工厂相关的规章制度的，工厂可以依规章制度对劳动者进行处罚，但工厂不能因此而对劳动者进行罚款，如果工厂以罚款为由克扣劳动者工资的，工厂的行为违法，劳动者可以向劳动行政部门投诉处理。
相关法律规定：《中华人民共和国劳动法》
第九十一条 用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（四）解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。
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