土地确权如果有纠纷的，需要先解决纠纷，在进行土地确权登记。
依照我国《土地管理法》第十六条的规定，确权的权利主体为乡级或县级以上人民政府，也就是说只有乡级或县级以上人民政府才具有确认所有权和使用权的权力。土地管理部门做为人民政府的职能部门，具体承办确权工作，对确权的意见和建议，要报同级人民政府作出决定。
土地确权的证据依据：土地详查形成的土地权属协议书、认定书、人民政府下达的土地权属争议处理决定；城镇地籍调查资料；人民政府关于建设用地的批准文件；土地出让合同；土地利用现状调查资料；人民政府颁发的房产证明；新中国成立之后双方签订的土地、山林等权属或界线的协议；危改、安居计划的联建房合同和公证书；法院判决：使用土地的事实情况，是合法占有还是非法侵占，是善意的还是恶意的，是长期的还是暂时的等。
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