你好，可以的，只要在分居协议中约定清楚。

【法律意见】 夫妻分居协议书 协议人(男方)：姓名、年龄、民族、户籍所在地(未在户籍所在地的，列出现住地)、身份证编号。 协议人(女方)：姓名、年龄、民族、户籍所在地(未在户籍所在地的，列出现住地)、身份证编号。 协议人 双方于 年 月 日在 婚姻登记处办理结婚登记手续。 年 月 日生育子女 。现双方就分居一事达成如下协议： 一、 与 自愿分居。 二、夫妻共同财产有：根据客观情况，详细列明夫妻共同财产的范围。确定夫妻共同财产暂归夫妻一方管理。 三、夫妻共同债权、共同债务有：详细列明。 除已列明的共同债权、共同债务外，分居期间发生的债权和债务，在谁的名下，则由谁享有或承担。 四、夫妻在分居期间的所得为各自所有。 五、分居期间，婚生子女 的监护权，暂归 。 另一方 给付抚养费 元/月。给付方式： 。 未直接抚养子女一方每月享有 次探望权。 在每个月 ，时间为 。探望地点为 。 遇有特殊情况，探望次数、时间、地点等可由双方根据子女情况另行约定。 本协议一式贰份，双方各执一份，双方签字生效。 协议人：　　　　协议人： 年 月 日　　　　年 月 日

【法律意见】 没有自动离婚的法律规定，长期分居两年以上只是证明夫妻感情破裂的一种，但是也不完全依据分居。解除夫妻关系，必须合法的经过民政局办理离婚证或者法院诉讼判决等方式。 【法律依据】 《婚姻法》 第三十一条　男女双方自愿离婚的，准予离婚。双方必须到婚姻登记机关申请离婚。婚姻登记机关查明双方确实是自愿并对子女和财产问题已有适当处理时，发给离婚证。 第三十二条　男女一方要求离婚的，可由有关部门进行调解或直接向人民法院提出离婚诉讼。 人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如感情确已破裂，调解无效，应准予离婚。 有下列情形之一，调解无效的，应准予离婚： （一）重婚或有配偶者与他人同居的 （二）实施家庭暴力或虐待、遗弃家庭成员的 （三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改的 （四）因感情不和分居满二年的 （五）其他导致夫妻感情破裂的情形。 　一方被宣告失踪，另一方提出离婚诉讼的，应准予离婚。