公司股东变更，首先必须缴纳股权转让印花税，如果公司有盈利自然人股东还要就盈利部分缴纳个人所得税。
根据《中华人民共和国个人所得税法》规定：自然人股权转让行为，转让方需要按“财产转让所得”计征个人所得税，如果转让方以原价转让的，不交个人所得税。股权转让的双方要按万分之五税率缴纳印花税，对于股权转让所得，如果股东是自然人，要按20%税率缴纳个人所得税，如是法人股东，要按25%税率缴纳企业所得税。股东出让股权，一般来讲公司权益没有变化，企业一般不用缴纳所得税。
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