因为工程款与质量责任是两个不同性质的款项，乙方施工完毕后如果经过竣工验收或交付使用，那么甲方应该支付工程款。至于工程质量问题，属于甲方另行主张的权利。
何况经过了竣工验收的工程，乙方承担的是质量问题的修复责任；交付的工程，乙方只对主体结构的质量问题承担责任。这些都需要甲方证明。
如果工程没有经过竣工验收，也没有交付，甲方扣款不承担违约责任。因为甲方有权不支付工程款，或者属于支付工程款条件不成就。
法律依据：
第十四条
当事人对工程造价、质量、修复费用等专门性问题有争议，人民法院认为需要鉴定的，应当向负有举证责任的当事人释明。当事人经释明未申请鉴定，虽申请鉴定但未支付鉴定费用或者拒不提供相关材料的，应当承担举证不能的法律后果。 一审诉讼中负有举证责任的当事人未申请鉴定，虽申请鉴定但未支付鉴定费用或者拒不提供相关材料，二审诉讼中申请鉴定，人民法院认为确有必要的，应当依照民事诉讼法第一百七十条第一款第三项的规定处理。