1.两者实质不同：商标争议实质是对注册商标在先注册人的一项特殊保护措施;商标异议实质是对初步审定的商标所进行的社会异议，包括在相同或类似商品(或服务)上使用相同或近似注册商标的所有人或在先申请人的异议。
2.两者内容不同：争议的内容是权利争执;而异议的内容只是对初步审定的商标发生异议。
3.提出时间不同：争议是在被争议商标核准注册，即发给商标注册证五年内提出;而异议是在初步审定，即在《商标公告》上刊登三个月内提出。
4.申请主体不同：争议人是特定的，即必须是在先注册人;而异议人不是特定的，可以是任何机关、团体、企业或者个人，包括在先注册人。
5.提出原因不同：争议的提出必须是被争议商标与争议申请人的商标在相同或类似商品(或服务)上相同或近似;异议除上述原因外，还有违反《商标法》规定的禁用条款或其他规定等。
6.处理机构不同：商标争议直接向商标评审委员会提出;商标异议向商标局提出。对商标局裁定不服的，可以在收到通知十五日内向商标评审委员会提出复审。