实践中，企业和职工方在特殊工时制中的加班争议误区主要有四个方面：
一是不少劳动者对综合工时制中加班工资的有无存在误解，以为休息日加班也应有加班费，一旦企业的综合工作时间符合法定标准，职工提出的仲裁申请是得不到法律支持的；与此对应的是认为实行特殊工时制，员工无论如何加班一律没有加班费。
二是部分企业在原执行特殊工时制行政许可决定书到期后未及时申报的情形。这种情况往往导致双方实际执行综合工时制，但由于缺乏行政许可的必要生效要件，双方很容易发生关于加班费的争议。这也导致企业只能按标准工时制处理加班问题。
三是某岗位已被劳动行政部门批准执行特殊工时制度，但双方劳动合同中约定执行标准工时制度。一旦产生加班，企业认为还可以按照特殊工时制来处理，但按照《劳动合同法》相关规定，该情况仍应按照标准工时制度来核算相应的加班工资。
第四种情况是部分个体经营组织自行规定特殊工时制。
法律依据：
《中华人民共和国劳动法(2018修正)》第四十一条
用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。