上述国税函[2009]617号文规定的“并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额”是从申报期角度进行表述，而国税发[2003]17号规定规定的“应在认证通过的当月按照增值税有关规定核算当期进项税额并申报抵扣，否则不予抵扣进项税额”是从进项税额所属期角度进行表述，两者实际口径是一致的。国税函[2009]617号文新规定出台后，国税发[2003]17号文规定的规定并没有废止。
值得注意的是，新规定调整增值税扣税凭证抵扣期限是针对取得1日以后开具的增值税扣税凭证，而对取得31日以前开具的增值税扣税凭证，仍应按原规定执行。另外，增值税一般纳税人取得扣税凭证未在规定期限内到税务机关办理认证、申报抵扣的，不得作为合法的增值税扣税凭证，不得计算进项税额抵扣。
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