建设工程合同纠纷可以适用仲裁，但是需要事先在合同里约定相应的仲裁条款，在约定仲裁条款时需要注意以下内容：
第一，仲裁条款必须以书面形式表示。
仲裁条款是指直接订立在《建设工程施工合同》中的仲裁协议，是双方同意将可能发生的纠纷提交仲裁的意思表示。仲裁条款订立在纠纷发生前。鉴于《建设工程施工合同》当事人双方在发生争议后较难达成解决争议的仲裁协议之习惯，故请求仲裁的意思表示往往是在订立《建设工程施工合同》时即以书面条款形成。
第二，仲裁条款的内容必须符合法律规定。
根据《仲裁法》第16条的规定，仲裁条款应当具有下列内容：1请求仲裁的意思表示、2仲裁事项以及3选定的仲裁委员会。
第三，仲裁条款必须无法定的无效情形。
《中华人民共和国仲裁法》第十七条明确规定，有下列情形之一的，仲裁协议无效：(一)约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围的;(二)无民事行为能力人或者限制民事行为能力人订立仲裁协议的;(三)一方采取胁迫手段，迫使对方订立的仲裁协议的。

法律依据：
《中华人民共和国仲裁法》第十六条
仲裁协议包括合同中订立的仲裁条款和以其他书面方式在纠纷发生前或者纠纷发生后达成的请求仲裁的协议。
仲裁协议应当具有下列内容:(一)请求仲裁的意思表示;(二)仲裁事项;(三)选定的仲裁委员会。